O SHS congrega 16 laboratórios de pesquisa alocados no espaço físico do Departamento no Campus 1 e Campus 2. Todos os laboratórios estão equipados com infraestrutura específica em função das diferentes linhas de pesquisa de atuação dos docentes. Os recursos para aquisição de material permanente, material de consumo, manutenção de equipamentos e pagamento de serviços de terceiros são provenientes dos projetos de pesquisa nacional (com apoio da FAPESP, CNPq e CAPES) e internacional. Em alguns deles, principalmente aqueles alocados no Campus 1, cuja estrutura física é muito antiga (40 anos) foram submetidos a reforma de acessibilidade, (cujos recursos foram provenientes da USP), a saber Laboratório de Fenômenos de Transporte, Biotace, LATAR, LABSIN. Todavia, nestes laboratórios, bem como em outros alocados no Campus 2, se faz necessária a reforma da parte elétrica e do sistema de lógica, cujo orçamento final supera demasiadamente os recursos anuais do Departamento. Para tanto, será necessário o apoio da EESC e da própria USP para atualização desse serviço.
É importante destacar que dentre esses laboratórios do Departamento, o Laboratório de Saneamento (LabSan) é um centro de serviços que atua desde 1970 tendo como finalidade principal o apoio às pesquisas científicas do SHS-EESC-USP, Campus 1, bem como de outros departamentos do campus 1 e 2 (ensino e pesquisa). Além disso, neste laboratório faz-se a prestação de serviços à comunidade (extensão), a qual iniciou após os dirigentes da época perceber a possibilidade de execução deste serviço, devido às instalações do laboratório comportar este tipo de atividade, através da realização de ensaios em águas e efluentes.
Devido às exigências dos órgãos fiscalizadores, principalmente Vigilância Sanitária, a partir de 20 de setembro de 2017, passou a operar conforme os requisitos da NBR ISO/IEC 17025:2017, sob o CRL 1286, para os ensaios de águas superficiais e subterrâneas.
Todos os projetos realizados pelo LabSan seguem as boas práticas laboratoriais, qualidade e confiabilidade e há a busca pela melhoria contínua do seu Sistema de Gestão e a imparcialidade em todos os seus processos. O laboratório tem a missão de oferecer suporte técnico, pesquisas com qualidade e confiabilidade dos resultados à comunidade, com respeito ao patrimônio público, ética e imparcialidade.
A seguir estão listados todos os laboratórios de pesquisa, coordenador e principais linhas de pesquisa. Em cada um desses laboratórios tem-se um fluxo de elevado de pesquisadores de Mestrado, Doutorado e pós-doutorado, em torno de 10 pesquisadores por docente.